Jusqu’au milieu du 20ème siècle et en l’absence de règlementation efficace, les fouilleurs se succédèrent et ils s’approprièrent le produit de leurs découvertes qu’ils dispersèrent ensuite dans différents musées ou dans des collections privées.

C’est en 1965 que la commune du Mas d’Azil a pu faire l’acquisition de l’importante « Collection Péquart », en la rachetant à la famille du fouilleur.
Cette nouvelle collection s’ajoutant à un fond ancien qui était déposé dans le petit musée de la Mairie (Musée Ladevèze) permettait d’envisager la fondation d’un musée spécialisé digne du Mas d’Azil, de sa réputation et unique en Ariège.

Le Musée de la Préhistoire était créé et officiellement inauguré en 1981 par le Docteur Saint-Paul, ancien Député-Maire du Mas-d’Azil. Il a pour ambition de faire découvrir le modernisme et le savoir-faire des occupants de la caverne au travers de leurs vestiges, dont certains sont d’une grande prouesse technique et artistique.